Самцы всех видов пресмыкающихся животных, за исключением гаттерии (это единственный вид отряда клювоголовых, распространенный на мелких островах вокруг Новой Зеландии), обладают совокупительным органом, оплодотворение у этих животных внутреннее. Самцы большинства видов яйца закапывают в грунт, отрывая для этого ямки, а подчас и глубокие колодцы в местах, хорошо прогреваемых солнцем, или используют для устройства своих «инкубаторов» скопления органических веществ, при гниении которых образуется тепло. Это могут быть кучи и наносы листвы, древесная труха, скопление навоза и т. п. Однажды в старом заброшенном хлеву, где скопился толстый слой конского навоза, мне удалось обнаружить более 5000 яиц обыкновенного ужа. Целый пласт их был укрыт под слоем парящего навоза на глубине 20—25 см. Такое количество яиц было отложено, примерно 250 самками — компанейские, оказывается, ужихи.
Большинство видов пресмыкающихся никакой заботы о своем потомстве не проявляют, устройством гнезда-инкубатора ограничиваются материнские обязанности, а об отцовских и говорить нечего: пары у рептилий образуются только на короткий период спаривания. Но все же у крокодилов самки охраняют свои гнезда, они даже помогают крокодилятам выбираться из гнезда на поверхность почвы и уводят их в воду. Самки питонов, отложив яйца, обвивают их кольцами своего тела и согревают в течение 60 и более дней; гигантская королевская кобра, достигающая в длину 4 м и более, хотя самая опасная и ядовитая змея в мире, но и самая заботливая мать. Устроив свое гнездо в куче листьев, где-либо в лесной чащобе, «королева» откладывает в него до 40 яиц, после чего укладывается калачиком поверх гнезда и ревностно охраняет его до появления молодняка. Есть даже сведения, что у этого вида змей в охране гнезда принимает участие и самец, а после того, как вылупившиеся кобрята расползутся, он вновь становится одиночкой до следующей брачной поры.
Ряду видов ящериц и змей свойственно яйцеживорождение, при котором оплодотворенные яйца развиваются в организме самки и откладываются в момент полного созревания зародышей. Иными словами, вылупление происходит одновременно с откладыванием яиц. При таком размножении организм самки является как бы живым инкубатором, поскольку связи зародышей с организмом матери, как у млекопитающих животных, мы здесь не наблюдаем. Яйца у яйцеживородящих рептилий заключены в полупрозрачную тонкую оболочку. Из числа видов, распространенных в РФ, яйцеживорождением обладают гадюки обыкновенная и степная, эфа, веретеница, живородящая ящерица и некоторые другие. Настоящее живорождение известно у очень небольшого количества видов ящериц и змей, распространенных в тропических странах.
Половой зрелости достигают: черепахи и крокодилы на 6—9-м году жизни, змеи на 3—5-м, а крупные ящерицы вараны на 2—3-м, мелкие виды ящериц способны к размножению уже в годовалом возрасте. У крупных пресмыкающихся число яиц в одном сезоне размножения может достигать 80—100, у большинства видов значительно меньше, 20—30; в год бывает, как правило, одна кладка.